A competição teve início com 128 clubes divididos em 32 chaves com quatro componentes cada. Após três rodadas, os dois primeiros de cada grupo passaram à fase seguinte, num total de 64 clubes.
Nesta nova etapa e até a disputa do título, o sistema é mata mata e jogos terminados empatados serão decididos em cobranças de penalidades.
No grupo 23, com sede em Osasco, classificou-se em primeiro o Osasco Audax e o Joinville em segundo. Já em Santana de Parnaíba, pelo Grupo 24, os classificados pela ordem foram o Vasco da Gama e o time da casa Ska Brasil. Na sede de Barueri, Grupo 29, num jogo emocionante com o Oeste fazendo 3 a 0 no Flamengo/Rj e cedendo o empate em 3 a 3, o Flamengo ficou em primeiro pelo saldo de gols com o Oeste.
Agora no mata mata da segunda fase da Copa São Paulo são esses os jogos desses clubes:
Quinta-feira, 13
11 horas – Estádio Municipal de Santana de Parnaíba
Vasco da Gama x Joinville
15 horas – Ibrachina Arena – São Paulo
Ibrachina x Oeste
18 horas – Estádio do Rochdale
Osasco Audax x Ska Brasil
19h30 – Arena Barueri
Flamengo/RJ x Náutico